NovichokBuh, здравствуйте.
В Вашей ситуации, прежде всего, необходимо понимать, что справка 2-НДФЛ не является ни декларацией, ни расчетом, и ее не камералят. Поэтому сроки, установленные ст. 88 НК РФ, относящиеся к камеральным проверкам, и ст. 101 НК РФ к этой форме неприменимы. В общем и в акте ссылка идет на ст. 101.4 НК РФ.
Что касается недостоверных сведений, то к сожалению НК не раскрывает соответствующее понятие. Тут только оценочное мнение инспекции с учетом разъяснений ФНС и МФ (например письмо ФНС от 9 декабря 2016 г. N СА-4-9/23659@):
Цитата: К таким сведениям могут быть отнесены неверное указание сумм доходов, налогов и налоговых вычетов, ...
Предполагаю, что иные нормы, кроме ст. 126.1 НК РФ налоговики не стали применять как раз по той причине, что в справке указано то, что фактически удержано и уплачено. Тем более в отношении ФЛ, у которого удержали больше. Т.е. в 2-НДФЛ указаны недостоверные (=ошибочные) сведения о сумме НДФЛ. В ином случае (если в 2-НДФЛ указали верную сумму, но перечислили меньше) наверно применили бы статью 123 НК РФ
Цитата: Неправомерное неудержание и (или) неперечисление (неполное удержание и (или) перечисление) в установленный настоящим Кодексом срок сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом
Думаю, Вам надо еще раз пересчитать налог (из акта не совсем понятны суммы, во всяком случае по второй справке).И если действительно ошибка, то найти аргументы в пользу уменьшения штрафа (к примеру, незначительность ошибок, бюджет особо не пострадал).
Цитата: Получается, что бюджет "пострадал" и получил неблагоприятные последствия только по второму работнику на 2 рубля - значит, и оштрафовать по идее тогда должны только за второго работника 500 руб?
Не совсем так. В отношении этих 2 руб. действительно "пострадал" бюджет, но в отношении 3 руб. у первого работника - нарушены права налогоплательщика... Это тоже недостоверность и ответственность налогового агента.